1938 yil 27 sentyabr Sergey Pavlovich Korolev 58 -modda («xalq dushmani») bo’yicha 10 yilga ozodlikdan mahrum qilindi va Kolimaga jo’natildi.
1940 yilning kuzida. u yangi hibsxonaga – NKVDning Moskva maxsus qamoqxonasiga o’tkazildi, u erda yana bir maxbus A.N. Tupolev boshchiligida Pe-2 va Tu-2 bombardimonchilarini yaratishda faol ishtirok etgan va shu bilan birga boshqariladigan havo torpedasi va raketa ushlagichining yangi versiyasini ishlab chiqqan.
1942 yilda. Korolev Qozon samolyot zavodining boshqa turma-konstruktorlik byurosiga o’tkazildi, u erda ularni aviatsiyada ishlatish maqsadida yangi turdagi raketa dvigatellari ustida ish olib borildi. Sergey Pavlovich 1944 yilda ozod qilingan. va 1957 yil aprelda qayta tiklandi.
Tirikligida Korolevning ismi sir deb hisoblangan. Bu haqda na birinchi sun’iy yo’ldosh uchirilganida, na Gagarinning parvozi paytida xabar berilmagan. Faqat u vafotidan keyin ko’chalarga Korolev nomi berila boshlandi va unga e’tibor berila boshlandi